As seis comissões criadas para organização da 16ª Conferência Nacional de Saúde estão definidas na Resolução nº 594, de 9 de agosto de 2018, que aprova o regimento da etapa nacional. São 121 pessoas que compõem as seguintes comissões:
Comissão de Articulação e Mobilização – 16 membros
Comissão de Comunicação, Informação e Acessibilidade – 16 membros
Comissão de Cultura e Educação Popular – 16 membros
Comissão de Infraestrutura e Acessibilidade – 16 membros
Comissão Organizadora – 41 membros
Comissão de Relatoria – 16 membros
Os membros das comissões da 16ª Conferência Nacional de Saúde são representantes da mesa diretora e das comissões intersetoriais do Conselho Nacional e Saúde (CNS), dos conselhos nacionais de Secretários de Saúde (Conass) e de Secretarias Municipais de Saúde (Conasems) e do Ministério da Saúde.